V blízké budoucnosti budou malí, telepaticky řízení roboti nasazováni na nebezpečné úkoly jako je hlubinný výzkum moří, ochrana před katastrofami a průzkum vesmíru. Oblíbení a lehce specializovaní „Robos“ určují také nejpopulárnější sport všech dob: boje v holografických arenách, tzv. „holosseums“. Bohužel mají i kriminálníci potenciál malé stroje používat jako zbraně, což vede k vážným společenským problémům.
Hráč zažije hru z perspektivy školáka, který se přistěhoval do města a začal chodit do nové školy. Sní o tom, že vyhraje šampionát Robocup, ale také o tom, že půjde k policii a bude bojovat proti kriminalitě robotů. Ve škole se spřátelí s Julií, mladou dívkou, která vyhrála šampionát spolu se svým bratrem. Nyní hledá nového Robo-Commandera, který by vyrostl v šampióna, a ve svém novém kamarádovi vidí mimořádný potenciál. Hráč se tak od Julie učí všechno, co musí umět pravý Robo-Commenader. Ale předtím, než se vůbec může zúčastnit prestižního Robocupu, musí nejprve vyřešit řadu úkolů. Jenom tak získá všechny součástky, které potřebuje ke konstrukci nejsilnějšího bojového robota na světě. K tomu patří trup, letoun, zbraně, bomby a končetiny. To vše lze vybrat jednotlivě a pomocí dotekové obrazovky umístit přesně tam, kam to patří. Jakmile hráč nalezne první součástky, může je ve svém Roboxu přizpůsobit pro svého Robota a připravit ho na turnaj. Když se podaří hráči získat všechny volné prvky, bude disponovat tisícovkami kombinačních možností. Tak mohou hráči sestavit bojové stroje, spojit útočné a obranné techniky s rychlostí a optimálně se adaptovat na jakoukoli situaci.
Soutěže se konají v pestrobarevné trojdimenzionálně animované aréně. Překážky, které musí roboti obejít nebo přeskočit a za nimiž se mohou také ukrývat, zvyšují dodatečné napětí. Při hře jde o to, veškerou silou rozložit protivníkova robota na jednotlivé součástky a sám získat co možná nejméně šrámů. Přitom se hráči postupně učí strategicky správně používat jednotlivé bojové prvky a neustále zdokonalovat své roboty.
Pro samostatné hráče jde v Bojovém módu o to, stát se absolutním šampiónem všech Robo-Commanderů. Hráč řídí svého robota za pomoci křížového ovladače a používá tlačítka Nintenda DS, aby zavalill svého protivníka hromadami střel a bomb. Kdo vystoupí proti libovolnému robotovi nebo by si chtěl v soutěžích v arkádovém stylu vylepšit své bodové konto, může volně hrát v Arkádovém levelu. Podle výkonu bude hráč vyznamenám zlatou, stříbrnou nebo bronzovou trofejí. Ale aby hráč získal toto speciální ocenění, musí vyhrát v řadě za sebou pět bojů o titul.
Kromě těchto variant nabízí Custom Robo Arena také možnost bojovat prostřednictvím Nintendo Wi-Fi Connection s hráči z celého světa. V Multiplayer módu se mohou vyzvat k soutěže náhodně nebo cíleně vybraní spoluhráči zhruba stejné bojové síly. A přirozeně si i zde mohou hráči sestavit seznam kamarádů vlastnících Wi-Fi a sledovat tak jejich pokroky.