Nová hrozba visí nad mystickou vesničkou Hidden Leaf a jejími obyvateli. Je pouze na Narutovi a jeho ninjech, aby zachránili vesnici od nebezpečného útoku nepřátel.
Lidé z vesničky Hiddel Leaf nalezli znovu pevnou půdu pod nohama a obnovili své normální životy po předchozím útoku ďábelského Orichamara, když se jejich zapřísáhlý nepřítel objeví opět z ničeho nic v městské bráně. Díky hrozbě bezprostředního útoku jsou povolání Naruto a jeho kolegové ninjové, aby společně vytvořili tři týmy, vrhli se do boje s tímto nepřítelem a překazili hrozící útok.
S využitím své veškeré Ninja strategie a dovedností zvolte ke konečnému boji jeden ze tří týmů a přijměte výzvu na záchranu vesnice. Na začátku každé mise si zvolte vedoucího týmu z pěti dostupných charakterů, který je následován dvěma podpůrnými členy týmu ze seznamu 19 hratelných postav. Jakmile je váš dokonalý tým vybrán, vrhněte se do boje a využívejte kombo-útoků pro boj zblízka, použijte svůj Chakra k běhu nahoru na stěny a provádějte speciální dostupné ninja techniky, abyste mohli porazit nepřítele. Kromě toho nezapomeňte využít dlouhé řady vrhacích zbraní, které můžete sbírat v průběhu celé mise.
Při hraní využijete dotekovou obrazovku Nintenda DS i foukání do mikrofonu – díky tomu si aktivujete své konečné ninja dovednosti i kompletní užitečné minihry. Tyto vzrušující minihry, které jsou obsaženy v každé misi, obsahují různé požadavky, které musí hráč splnit. Pokud je mise úspěšně dokončena, mírně se sníží ukazatel zdraví nepřítele, což napomáhá úspěšnosti mise.
